El inicial descubridor del territorio, ocupado entonces por primitivos pobladores, los indios Panches y Lucenas, fué Sebastián de Belalcazar.

Documentos que reposan en el Archivo Nacional atribuyen a don Francisco de Prado la dirección de la Encomienda de Gualana, Alimbapi, Laguataca y Ambalema, en los comienzos del siglo XVI, esto es, en 1.590. pocos años más tarde, otro Encomendero, don Tomás de Bocanegra, había sentado sus reales en estas regiones. A tal punto que fue él quien le dio a su residencia campestre donde vivía con su familia y esclavos, cerca de las concentraciones indígenas, el nombre de Ambalema de Bocanegra

Sobre la fecha de fundación siempre ha existido disparidad de criterios. Felipe Pérez, Joaquín Esguerra y Manuel Zamora, por ejemplo, indican el año de 1.786. Eduardo Torres y Eugenio Gómez señalan como año de fundación el de 1.776. de otra parte, Rafael Gómez Picón Mencionó a 1.774. por último, José María Chacón y Héctor Villegas Villegas, dan como año de fundación el de 1.656. Empero, ninguna de estas afirmaciones están respaldadas por fehacientes y sólidos documentos, máxime teniendo en cuenta que las fundaciones de aquellas épocas no se sujetaban a términos o fechas precisas.

El periodista y escritor tolimense, Germán Santamaría, en su libro AMBALEMA, editado en 1.986 por la Compañía Agropecuaria e Industrial Pajonales S.A, descorre el velo en esto de la fundación de Ambalema y pone los puntos sobre las íes en tema de tanta importancia, después de prolija investigación. Aquí sus afirmaciones:

"Rodrigo Zapata salió de Tocaima el 11 de agosto de1.627. llegando al día siguiente a Ambalema de Bocanegra, que entonces se llamaba así. El día 13, sin pérdida de tiempo, realiza el censo de población. El 15 de agosto de 1.627, después de concluida la tarea de Rodrigo Zapata, el doctor Lesmes de Espinosa Saravia ordenó la fundación de un poblado en el sitio de Ambalema de Bocanegra, tal como consta en documento que reposa en el Archivo Nacional de Colombia y que en su letra dice así:

"En el pueblo de Ambalema, repartimiento de Tomás de Bocanegra, riberas del río grande de la Magdalena, en quince días del mes de agosto de 1.627. el señor doctor Lesmes de Espinosa Saravia, oidor más antiguo de la Real Audiencia del Nuevo Reino de Granada, visitador general de los partidos de tierra caliente, dijo que por cuanto su Merced ha visto por vista de ojos, desde el paso del río del capitán Juan de Ortega hasta este sitio de Ambalema, navegando por el río de la tierra que hay de una parte y otra de él, y asimismo, a lo visto, andado y visitado por tierra, toda la que hay desde Venadillo hasta el río de las piedras y la que hay en el sitio donde están poblados los indios del dicho capitán Juan de Ortega y en toda esa tierra no ha hallado sitio más acomodado que éste de Ambalema, por tener como tiene en la parte y el lugar donde está la iglesia, un llano grande, capaz de poblarse. Buena cantidad de indios, hasta las eras del dicho río grande y estar como está en parte alta descombrada de arabucos, desahogada de sierras y tener como tiene muchos arabucos de roca, de tierras muy fértiles y muy acomodadas para platanales y frutales y estar como está en el paso de la canoa, del Camino Real para la ciudad de Mariquita, minas de Lajas y Santana y demás de la vista de los que su majestad ha hecho sea informado de personas eclesiásticas y seculares, que es el sitio más acomodado de todos los que hay en el dicho río grande y mayores comodidades para los indios y utilidades para el bien común, atento a todo lo cual, mandaba y mando que el dicho sitio donde está la dicha Iglesia, se pueblen los indios de los repartimientos siguientes...."Lesmes de Espinosa Saravia. Ante mí, Rodrigo Zapata".

Más adelante, el escritor Germán Santamaría dice:

"Conviene subrayar que Ambalema de Bocanegra existía ya antes de la promulgación del auto que autoriza su fundación oficial, con rango histórico. Pero solo existía como sitio, no como pueblo. Y aunque hubiera sido un pueblo, cosa poco probable según los documentos existentes, se trataría de un colectivo formado espontáneamente y reconocido como tal únicamente a partir de la fecha contenida en el documento de fundación.

Con lo anterior, las diversas especulaciones vertidas en torno a su fundación, incluida la de Héctor Villegas en su anuario estadístico-historico-geográfico de los municipios del Tolima, basada a su vez en una interpretación de Enrique Ortega Ricaurte, quedan poco menos que sujetas al rigor histórico de los numerosos documentos que reposan en el Archivo Nacional".

Cuando el incendio que arrasó el pueblo, el 17 de septiembre de1.825, Ambalema ya era un importante centro tabacalero. Tenía que ser así, porque mediante Decreto del 10 de diciembre de 1.830, el señor Rafael Urdaneta, como General en Jefe de los Ejércitos de Colombia y encargado del Gobierno, ordena arrendar la "Factoría de Tabacos de Ambalema", mediante licitación pública. Y al año siguiente, el 1º de Diciembre de 1.831, el doctor Domingo Caycedo, también como encargado del poder Ejecutivo ordena que "se concentre en cierto terreno las plantaciones de tabaco de la factoría de Ambalema".

Un decreto, del 25 de mayo de 1846, del Senado y la Cámara de Representantes, sancionado por el Presidente Tomás Cipriano de Mosquera, creó a Ambalema como Cantón de la Provincia de Mariquita, al año siguiente, el 24 de Septiembre "se establece Concejo Municipal en la Parroquia de Ambalema, cabecera del cantón del mismo nombre.

Es aceptado que Ambalema tiene ascendencia Panche. Lo corrobora Bacilio Vicente de Oviedo en su obra "Tierras del Tolima" cuando dice: El corregimiento de los Panches contiene el curato que llama Guayabal de la mesa y sus agregados La mesa y el Hospicio y pueblos de Anapoima, de Guataquí, de Coello, de la Piedras, de Ambalema, de Venadillo, de Colombaima, de Minaima, de Sasaima, de Tocarema y de Síquima. Pero hay una leyenda recogida por José María Chacón que indica que en un sector del territorio de Ambalema existió un pequeño asiento de los indios Lucenas, cuyas características especiales constituían en que el color de su piel era blanca, ojos azules y cabellos castaños claros. Que no eran guerreros ni salían de su jurisdicción. Que eran, además apacibles, dedicados a la agricultura y a la pesca. Sin embargo, los recién llegados conquistadores españoles los sojuzgaron en forma despiadada, obligándolos a esconderse en grandes socavones que ellos mismos construyeron a la orilla izquierda del río de la Magdalena. Su vida discurrió en este hábitat hasta cuando su raza se exterminó. Se convirtieron en expertos nadadores y aún más, en consumados Zambullidores, afirmándose que eran ellos, los Lucenas, los que frecuentemente, atacaban los Champanes que subían o bajaban por el río, los volteaban, tomaban prisioneras a las mujeres más jóvenes y bellas, robaban cuanta mercancía podían, para llevarlas a sus escondites. Los españoles los motejaban con el remoquete de "mohanes".

Ambalema, declarado monumento nacional por ley del Congreso en su sector urbano, conserva aún la hermosa arquitectura que lo hizo famoso en otros tiempos, especialmente por sus casonas espaciosas y solariegas, la particularidad de sus amplios corredores acolumnados o dicho mejor, enmarcados con postes o columnas en fila. Cabe destacar entre las viejas construcciones la Casa Inglesa, donde funcionó el primer banco comercial y muchas otras. Debe recordarse asimismo, que Ambalema fue un centro comercial por allá en los finales del siglo y posteriormente en 1.915 y siguientes, hasta 1.925, cuando estuvo en todo su apogeo la industria del tabaco, de lo que solo queda el recuerdo y eso, por el olor que aún se percibe en los viejos y antiguos caneyes de la otrora factoría de la Patria. Desde luego también se añora la época en que funcionó el ingenio de Pajonales, lamentablemente cerrado y que ahora está convertido en una poderosa empresa agropecuaria, que también genera empleo.

El incendio del 27 de julio de 1.993, acabó con el viejo caserón de dos pisos que servía como centro de actividad de todo el andamiaje municipal. Las autoridades locales y departamentales están en el propósito de reconstruirlo o de hacer uno nuevo.