La tribu de los coyaimas tenia su asentamiento en esta rica región aurífera. La corona española envía a un militar, Juan de Borja, para declarar la guerra a los Pijaos. Al darse cuenta el conquistador de las rivalidades existentes entre los pueblos indígenas, los utiliza a su favor como informantes. Los coyaimas se convirtieron en sus aliados.

En 1608 se fundó un poblado indígena, al que se denominó “Nuestra Señora del Carmen de Coyaima”, por el conquistador Juan de Borja. Fue un centro importante de mercado de los productos de la tierra fría de la cordillera, y os de clima cálido del Valle del Magdalena.

Los coyaimunos se remontan al 29 de marzo de 1621, cuando el licenciado Bernabé de Saavedra, fiscal de la Real Audiencia, formalizó la fecha de fundación del poblado. Sin embargo, el primero de agosto de 1778 el caserío fue trasladado al lugar que hoy ocupa.

La Asamblea Legislativa del Tolima elevó a Coyaima, a categoría de municipio, el 21 de febrero de 1863.